Большинство музеев Томской области находятся в Томске. Здесь действует множество муниципальных и ведомственных музеев, музеев при вузах и школах. Кроме того, в городе действует несколько художественных галерей, выставочные залы, в которых проходят выставки томских и иногородних художников, скульпторов, фотографов.
В Томске нет зоопарка, школьников обычно возят на экскурсии в соседний Северск, где есть Северский зоопарк. Существуют планы по созданию томского зоопарка в Михайловской роще.
В конце октября 2007 года в Томске состоялся 1-й музейный форум, участие в котором приняли свыше 70 музеев города и области, в том числе прошло шоу «Ночь в музее».
